El ecosistema es considerado un nivel de organización dentro de los diversos niveles ecológicos que se pueden reconocer. Estos niveles son, desde lo más pequeños: individuo, población, comunidad, ecosistema, bioma, biósfera.
• Individuo: Ser único e indivisible con vida propia. Es decir un organismos (unicelular o pluricelular) capaz de sobrevivir por si mismo en un ambiente determinado.
• Población: Conjunto de individuos de la misma especie (conjunto de individuos de características similares, capaces de cruzarse entre sí, dejando descendencia fértil) que viven en un mismo hábitat y en un tiempo dado.
• Comunidad: Conjunto de poblaciones que conviven en un mismo hábitat y en un tiempo dado.• Ecosistema: Conjunto de comunidades que conviven en un mismo hábitat y tiempo dado.
• Bioma: Conjunto de ecosistemas en un tiempo dado.
• Biósfera: Conjunto de biomas en un tiempo dado.
Si bien el ecosistema es la unidad en la cual se realizan los estudios ecológicos, esta sigue siendo aún muy compleja, es por eso que se analizan primero las relaciones que se presentan entre los individuos de una población, primero y luego los de una comunidad, para poder llegar recién a establecer ciertos modelos o generalidades de un ecosistema.